En el año 1992, México introdujo en su Ley de Aguas Nacionales el concepto de Cuenca como la unidad de gestión y estableció la creación de Consejos de Cuenca.
En el año de 1993, se instaló el primer Consejo de Cuenca y el último en el 2009. A la fecha existen 26 Consejos de Cuenca.
El 21 de enero de 1999 se crea el Consejo de Cuenca Río Bravo como una instancia de coordinación y concertación entre sus integrantes para la formulación y ejecución de programas y acciones para la mejor administración de las aguas, el desarrollo de la infraestructura hidráulica y de los servicios respectivos y la preservación de los recursos de la cuenca.
En el 2004 la Ley de Aguas Nacionales fue modificada, se introdujo el concepto de Organismo de Cuenca, se ratificó la figura de los Consejos de Cuenca y fue fortalecida a través de una reestructuración y ampliación de funciones.